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大原因：小肠球虫的感染
小肠球虫的感染是本病的主要原因之一。小肠球虫主要寄生于肠粘膜上皮细胞中，当其大量生长繁殖时，必然导致肠粘膜增厚，水肿，严重脱落及出血等病变， 则几乎使饲料不能被完全消化吸收，同时对水分的吸收也明显减少，尽管鸡大量饮水，也会引起脱水现象，所以发病鸡群所排的粪便就很稀薄且不成形，内含有没有被消化的饲料。
第二大原因：细菌感染
细菌能引起肠炎，也是肉鸡肠毒综合症的病因之一：如大肠杆菌、沙门氏菌、产气夹膜梭菌等，通过刺激破坏肠道黏膜，同时引起炎症使肠蠕动速度加快，消化液排泄过多，饲料通过消化道的时间缩短，导致消化不良。
第三大原因：病毒感染
病毒也是引起肠毒综合症的诱因之一；如呼肠弧病毒引起肠炎，损害肠道的吸收功能。
第四大原因：肠道内的酸碱平衡失调
由于季节、饲料、病原微生物等原因引起肠道菌群失调，产生大量乳酸，使肠道内PH值严重降低，肠道内环境发生改变，有益菌减少有害菌大量繁殖，又由于 此时肠道处于厌氧环境，魏氏梭菌、肠梭菌等厌氧菌会大量繁殖，有害菌与球虫相互协调而加强了致病性。这样就会造成有益菌减少，而有害菌大量生长繁殖，特别是大肠杆菌、沙门氏菌能加重致病性。菌群所分泌的毒素增多，刺激肠道粘膜使肠蠕动加快，消化液排出增多，饲料通过肠道的时间缩短，消化不良，未消化的饲料随同脱落的粘膜一起排出体外，形成特征性的西红柿样或鱼肠样粪便。这也是肠炎怎么回事的重要原因之一。
在饲料中添加优兰宝（丝兰提取物），可以杀灭球虫，减少球虫病的发生，优兰宝-丝兰提取物作为天然的抗球虫剂，在抑制球虫数量、改善动物健康，降低死亡率等方面有着优异的表现。其所特有的多糖成分与氨气有非常强的亲和力，很容易与之结合，从而抑制氨的有害作用，维持肠道的酸碱平衡，利于肠道菌群的稳定。
